El CILZC tiene como objetivo general generar conocimiento y fortalecer la aplicación de tecnologías mediante la investigación básica y aplicada para el manejo ecológico y sustentable del Lago de Zapotlán y Cuencas, así como una explotación racional de sus recursos.

Objetivos particulares

• Implementar líneas de investigación que generen conocimiento pertinente y respuestas oportuna ante la problemática de deterioro de los recursos naturales
• Difundir los resultados de investigación mediante diversos medios con reconocimiento científico
• Coadyuvar en la formación de recursos humanos, tanto a nivel técnico como de licenciatura y posgrado
• Ofertar servicios de extensión a los diversos sectores sociales que favorezcan la cuenca, su población y los recursos naturales que en ella prevalecen
• Fortalecer la vinculación con organismos y dependencias externas en los sectores privado, público y social, así como con otras instancias académicas

1. Interacciones Ambientales de los Sistemas de Producción.
2. Manejo Sustentable de la Cuenca de Zapotlán.
3. Estudios Limnológicos del Lago Zapotlán.

• Evaluación del saneamiento integral de la laguna de Zapotlán. 2018.
• Parámetros biológicos de especies silvestres de Triatominos (Hemiptera: Reduviidae) mexicanos-Parte II. 2018.    
• Proyecto Productivo de Cultivo de Tilapia en Estanques de Membrana en el Centro de investigación Lago de Zapotlán y Cuencas en el municipio de Gómez Farías, Jalisco. 2019.
• Las Ciudades Medias en Jalisco, una alternativa de Desarrollo Sostenible, a través del proceso de Metrópolizacion para la consolidación de las Regiones. 2019. 
• Parámetros biológicos de Triatoma rubida (Hemiptera: Reduviidae)de la cuenca de los ríos Presidio al San Pedro, Sinaloa. 2019. 
• Evaluación del potencial forrajero de árboles y arbustos de la región Sierra de Amula del Estado de Jalisco para la alimentación animal. 2020.
• Cultivo de tilapia (Orechromis niloticus Var. Chametla) con dominio biotecnológico completo en un sistema semi-intensivo en estanquería de arcilla. 2020.
• Prevalencia de enfermedades de impacto productivo en bovinos en San Andrés Ixtlán, Mpio. de Gómez Farías, Jalisco. 2020. 
• Contribución de la recarga hídrica y retención de azolves en la zona del llano de la subcuenca de Zapotlán mediante la enotecnia de “cárcavas” (represas). 2021.
• Mantenimiento de represas para recarga hídrica y retención de azolves en la zona del llano de la subcuenca de Zapotlán.
• Proceso de consolidación y manejo del área metropolitana del Sur, (municipios que la integran Zapotlán el Grande, Gómez Farías y Zapotiltic).
• El llano grande un patrimonio intangible en riesgo en la cuenca hidrográfica Tuxcacuesco-Armería y sus ecosistemas. 

1. Libros: 4
2. Capítulos de libros: 4
3. Publicaciones en revistas científicas: 8
4. Congresos organizados: 3
5. Talleres: 6
6. Eventos nacionales e internacionales: 5 

1. Red de Colaboración para el estudio de cuencas humedales usos y aprovechamiento del agua y ordenamiento territorial de la Universidad de Guadalajara.
   Instituciones participantes: Centros Universitarios: CUAAD, CUCEA, CUCBA y CUTONALA. 
2. Red Temática de Gestión de la Calidad y Disponibilidad del Agua
3. Red de Investigación sobre la Cuenca del Río Balsas